دفتر امور موقوفات و منابع پایدار حوزه‌های علمیه، وابسته به مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه، بر مدیریت، احیا و بهره‌برداری از موقوفات حوزوی تمرکز دارد تا منابع مالی پایدار برای فعالیت‌های آموزشی، پژوهشی و تبلیغی فراهم کند. هدف اصلی آن، ساماندهی اموال وقفی، افزایش بهره‌وری و انسجام منابع است.​
اهداف:
دفتر به دنبال شناسایی و ثبت موقوفات جدید، پیگیری امور حقوقی و تبادل اطلاعات با سازمان اوقاف است تا استقلال مالی حوزه تقویت شود. همچنین، تشویق مشارکت مردمی و خیرین برای وقف‌های نوین و احیای قدیمی را پیگیری می‌کند.